Основните направления в дейността на Българска фондация Биоразнообразие са: Защитени територии и НАТУРА 2000; Застрашени видове; Биосферни паркове; Законодателство Зелен пояс; Образователни и ПР дейности; Устойчив туризъм; Публични кампании и коалиции.