Планината е известна с невероятно богатото си биоразнообразие - по живописните планински склонове се срещат множество диви животни и растителни видове като балканска дива коза, кафява мечка, глухар, скалолазка, трипръст кълвач, пеперуда Аполон, орхидея, както и много други забележителни видове. В България единствено в Източните Родопи гнездят белоглави лешояди. Родопите са и част от инициативата Зелен пояс.

Българска фондация Биоразнообразие се занимава с опазването на ценните природни територии и стимулиране на устойчивото развитие в района още от 1994 година като част от Българо-швейцарската програма за опазване на биологичното разнообразие (БШПОБ). Вследствие от проучванията на територията до 2002 година бяха предложени и обявени 12 нови защитени територии - повечето от тях във вътрешността на Родопите. По предложение на Българска Фондация Биоразнообразие бе обявена защитена местност "Гюмюрджински снежник" и защитена зона "Циганско градище". През 2005 - 2007 г. БФБ организира проучвания в граничните територии на Средните и Западните Родопи в района от рида Мъгленик до Триград с цел предлагане на защитени зони и защитени територии. В резултат на това бяха депозирани предложения за обявяване на 5 нови защитени територии.
Районът има огромен потенциал за развитие на екотуризма и ние активно работим за неговото развитие и по-специално за фотолов на мечки, диви кози и глухари. Активен участник сме в борбата с бракониерството на защитени видове.

Проекти, свързани с територията
- Опазване на дивата коза и мечка извън защитените територии
- Инициатива “Зелен пояс”
- Инвентаризация на биоразнообразието в защитените територии на Родопите
- Опазване и устойчиво управление на хабитати с европейско значение в Родопите