БФБ взе активно участие като представи инициативата «Живи реки», която цели интегриране на опазването на биологичното разнообразие в управлението на водите. Инициативата започна през 2006 г. с проект за опазване на крайречни и островни природни местообитания в поречието на р. Марица, изпълняван съвместно от БФБ и Басейнова дирекция – Пловдив. Представители на БФБ и други екологични ораганизации представиха ползите и значението на речните екосистеми и посочиха ключови проблеми и заплахи, свързани с тяхното опазване.
В резултат от срещата бяха определени значимите проблеми на управлението на водите, свързани със загубата на биологично разнообразие. Сред тях са замърсяването на водите от точкови и дифузни източници, добива на инертни материали от речните корита, твърде либералното издаване на разрешителни за водоползване и за строителство в речните тераси, определени горскостопански практики, като сечи във вододайните зони и по речните брегове.
След идентифицирането на проблеми по отделните поречия с участие на обществеността и окончателното определяне на водни тела в риск, през 2008 г. ще се пристъпи към изготвянето на Програма от мерки. Този процес ще доведе до изготвяне на План за интегрирано управление на речния басейн, който ще бъде завършен през до 2009 г.